A környezeti analízis és kontroll 3 szegmenst érint:
A bejövő nyersanyagokat is vizsgálni kell (természetes környezeti) mielőtt feldolgozásra kerülnek.
Az élelmiszer előkészítés során a mikroorganizmusokat el kell pusztítani (hő behatás)
Egyes gyártási folyamatokban mikroorganizmusokat adagolnak az élelmiszerekhez (fermentálás, erjesztés)
A patogén mikroorganizmusok és toxinok kimutatása a végtermékben
Környezetvédelmi kontamináció több módon következhet be: levegővel, felszíni vagy emberi úton.
